Nếu như siêu âm 2D việc tối ưu không phức tạp và không ảnh hưởng nhiều đến kết quả thì tối ưu hóa trong siêu âm Doppler màu lại có tính quyết định. Tốc độ dòng chảy là không đồng nhất, vì vậy việc tối ưu hóa không đúng có thể làm mất hoặc tạo ảnh giả bệnh lý.